新宿三丁目駅

歴史
1959年（昭和34年）3月15日 - 帝都高速度交通営団（営団地下鉄）丸ノ内線の駅が開業。
1980年（昭和55年）3月16日 - 都営地下鉄新宿線の駅が開業。乗換駅となる。
2004年（平成16年）4月1日 - 帝都高速度交通営団（営団地下鉄）民営化に伴い、丸ノ内線の駅は東京地下鉄（東京メトロ）に継承される。
2007年（平成19年）3月18日：ICカード「PASMO」の利用が可能となる。
2008年（平成20年）6月14日 - 東京メトロ副都心線の駅が開業。
2010年（平成21年）5月21日 - 暫定的に使用されていた新宿地下歩道が全面開通。E10出入口が供用開始。
2019年（令和元年）8月10日 - 都営地下鉄新宿線の駅でホームドアの使用を開始。

駅構造
丸ノ内線の線路上にある地下通路「メトロプロムナード」が広範囲に連絡しており、新宿駅までの徒歩移動が可能である。また、同じ地下通路を通り、新宿サブナードを経由して西武新宿駅と、さらに新宿駅と都庁前駅を経由して西新宿駅まで移動することも可能である。

さらに、副都心線の駅を挟んで甲州街道（国道20号）の地下に南北に伸びる地下道を利用すれば、新宿駅南口（JRのほか同一構内の京王線・京王新線・小田急線・都営新宿線・大江戸線を含む）・タカシマヤタイムズスクエア・バスタ新宿・JR新宿ミライナタワーまで移動することができる。ただし、西武新宿駅（副都心線渋谷駅、及び同駅接続東急東横線・田園都市線方面の西武鉄道発売のフリーきっぷのみ）を除き、これらの駅に接続する路線との連絡運輸は行われていない。

なお、丸ノ内線と副都心線の改札階はエレベーターとスロープで連絡しており、それぞれの改札階とホームを連絡するエレベーターが設置されている。一方、丸ノ内線・副都心線と新宿線の間には乗り換え用エレベーターが存在せず、エレベーター経由で乗り継ぐ場合は地上を経由する必要がある（ただし、乗り換え通路のエスカレーターは車椅子利用に対応している）。

なお丸ノ内線と新宿線の定期乗車券による乗換に関しては、当駅で乗り換える必要がある。隣の新宿駅では、丸ノ内線は新宿西口駅と連絡運輸の取扱を行っているほか、新宿線新宿駅が京王電鉄の管轄駅であることから連絡運輸を行っていないためである。

東京メトロ

直営駅。丸ノ内線と副都心線は、丸ノ内線ホームの東端と副都心線ホームの北端を結ぶ連絡通路により改札内で乗り換えることが可能である。しかし、ラッシュ時などはこの乗り換え通路が混雑するため、開業後は定期券の乗換客に対してポスターなどで改札外での乗り換えを呼びかけていたが、2012年3月17日から普通乗車券・回数券・PASMO・Suicaでも改札外での乗り換えができるようになった。ただし、他の改札外乗り換えの駅と同様に、定期券や一日乗車券以外で改札外で乗り換える場合は60分の時間制限があるほか、普通乗車券と回数券についてはオレンジ色の乗換専用自動改札機を出る必要がある。

東急東横線との相互直通運転開始により、副都心線のさらなる乗客増が見込まれることから、乗換通路の混雑緩和のため、2012年から2013年2月にかけてエスカレーターの増設と専用改札口の新設、切符売り場の増設、および丸ノ内線新宿御苑前方改札口の移設が行われた。なお、新設された専用改札口の自動改札機は東芝製だが、他の改札口と比べて、正面投入口の下部が斜めになっている。

2013年3月4日より朝ラッシュ時のみ乗り換えが一方通行化され、同時間帯の丸ノ内線から副都心線への乗り換えに連絡通路が使用できなくなった（改札を出て乗り換える必要がある）

丸ノ内線

島式ホーム1面2線を有する地下駅。新宿通りの直下、新宿三丁目交差点付近を東端とし、西方に延びている。改札口は地下1階、ホームは地下2階にある。

従来、伊勢丹側の階段はホームの東端にあったが、副都心線との連絡通路を設置するスペースを捻出するため、2006年8月13日より新宿方に約30m移動した。改札口もこれに合わせて移動している。さらに2013年3月に移設されたことは前記した。

トイレは地下1階改札外東端（副都心線・都営新宿線連絡階段付近）にあり、ユニバーサルデザインの一環として多機能トイレを併設している。

新宿側に渡り線があり、早朝深夜に中野坂上方面に折り返す列車が設定されている。

2017年4月に、発車標が他駅に先駆けてLCD式の新型へ更新され、あわせて接近放送も変更された。ただし、英語の接近放送や中国語・韓国語表示への対応は、他駅での本格導入が進んだ2019年より実施されている。

副都心線

島式ホーム1面2線を有する地下駅。明治通りの直下、新宿三丁目交差点から新宿四丁目交差点付近に位置する。

既設であった丸ノ内線と都営新宿線の間に作られたが、丸ノ内線を30cm下でくぐってからホーム自体に勾配をつけつつ都営新宿線のトンネルのわずか11 cm上を越えるという複雑な構造となり、駅の完成までに7年を要している。

明治神宮前駅や渋谷駅と同様に、コンコース階とホーム階の一部に吹き抜けが設置されている。

東新宿寄りに引き上げ線が設置されており、東急東横線・横浜高速鉄道みなとみらい線方面からの当駅終着・始発列車が朝・夕ラッシュ時に設定されている。副都心線開業時のダイヤでは早朝に当駅始発の渋谷行、平日朝ラッシュ時に渋谷から当駅終着の回送列車がそれぞれ設定されていたが、

2013年3月16日に東横線・みなとみらい線との相互直通運転が開始されると、当駅始発・終着の列車が大幅に増加した。昼間の時間帯に当駅終着・始発が2本/hの割合で設定されていたが、2017年3月25日のダイヤ改正で、当駅止まりの列車は日中を中心に池袋駅・和光市駅まで延長された。また夜間留置が設定されている。

トイレは地下2階北側の改札口内にあり、多機能トイレを併設している。一部の便器には温水洗浄便座が設置されている。

地下鉄博物館に同線の構造模型が展示されており、将来的に新宿サブナードとも接続する計画があることから、その表示もなされている。

なお、副都心線開業当時からほぼ終日警備員および駅員による立ち番がいる。

有料座席指定列車「S-TRAIN」は、土曜・休日ダイヤのみ副都心線に入線し、当駅にも停車する。なお、当駅から東京メトロ線内のみの乗車はできない（西武池袋線石神井公園から当駅まで、また当駅から東急東横線自由が丘までといった区間は乗車できる）。

新宿三丁目駅